Органами управления АО «Корпорация развития Вологодской области» являются Общее собрание акционеров, Генеральный директор Общества. Высший орган управления Общества - Общее собрание акционеров.
2 июля 2012 года утверждено положение о создании коллегиального общественного совещательного органа Общества - Экспертного Совета (ЭС). Целью его деятельности является оказание содействия Обществу в реализации инвестиционной политики области посредством формирования перечня приоритетных областных инвестиционных проектов. В составе ЭС, помимо генерального директора Общества, представителя акционеров Общества, входят:
Законодательный и общественный контроль за деятельностью Корпорации, кроме ЭС, осуществляют Контрольно-счетная палата Вологодской области, Ревизионная комиссия, Аудитор.